Naissaar on suuruselt Eesti viies saar. Saare pindala on 18,9 km², pikkus 9 km ja laius 4 km. Naissaarest väiksemad on Kihnu, Väike- ja Suur-Pakri, Ruhnu, Vilsandi, Abruka, Piirissaar, Prangli, Aegna jt. Suuremad on Saaremaa, Hiiumaa, Muhu ja Vormsi. Eestis on kokku 2222 meresaart. Naissaar kuulub Viimsi valla koosseisu.

Naissaare põhjatipp on 30 km kaugusel Soome rannikust ja lõunatipp 8,5 km kaugusel Eesti rannikust. Naissaar eraldab Tallinna lahte Soome lahest.